南通以“五大创新”举措破解建设难题，有力推动连申线南通段建设全面超进度。截止目前，连申线南通段累计投资13.8亿元，占总计划的34.4%。
（一）全省第一个实行水运工程标准化管理体系。以全省航道系统标准化管理先行试点为契机，率先探索推进标准化建设，建立管理程序、施工工艺流程、现场安全文明施工和试验检测四个标准化管理体系，强化现场管理，规范建设行为，已完工程实体质量全面受控。
（二）全省第一个在航道重点工程中成立中心实验室。成立专家咨询组，建立试验检测中心和工程监控监测体系，健全和完善三级质量保证体系，严把重大方案审查关和重点部位检查关。
（三）全省第一个聘请专门桥梁公司管理监管航道桥梁建设。连申线南通段66公里共有39座大型桥梁建设任务，引进桥梁监管的项目管理公司，解决了战线长、数量多、标准高、管理难的问题。
（四）全省第一个开发使用水运工程信息化管理系统。有力加强了合同管理、质量管理和安全管理。
（五）全省第一个探索建立水运工程安全管理防控体系。与科研院校合作，研究建立连申线安全管理评价指标体系，已在所有参建单位中推广使用。开发重点工程视频监控系统，强化现场监管和过程监控，即将全面实施。